Весьма неожиданно Адебайор перешел из "Монако" в "Арсенал" в январе 2006 года за, как сообщалось, 7 миллионов фунтов стерлингов.

Тоголезец был исключен из команды "Монако" за постоянные пропуски тренировок, и у него не складывались отношения с тренером клуба – Франсеско Гуидолином.

Даже без этих проблем Адебайору пришлось бы бороться за попадание в стартовый состав с прибывшими в клуб итальянскими нападающими Марко Ди Вайо и Кристианом Виери.

Тренер "канониров" Арсен Венгер в интервью официальному сайту клуба: "Адебайор – отличное приобретение для нашей команды. Своей игрой в "Монако" и за сборную он показал, что добавит качества нашей игре впереди. "Он высокий, хорош в воздухе, и совершает хорошие рывки."

Адебайор неплохо показал себя за "Метц" в сезоне 2001-2002, но еще сильнее он впечатлил всех в следующем сезоне, забив 13 голов. Такой игрой тогда еще 17-летний Эммануэль заинтересовал "Монако".

Спустя два с половиной сезона, забив 21 гол, Адебайор покинул Лигу 1, чтобы попытать счастье в Премьер лиге.

Адебайор так же был в команде "Монако", когда та достигла финала Лиги Чемпионов в сезоне 2003-04. В том же году он был признан лучшим тоголезским игроком года.

Эммануэль впервые вывел свою сборную на Чемпионат Мира 2006, записав на свой счет 11 голов в квалификационном раунде, и став лучшим голеодором Африки.

Однако его проблемы в "Монако" сказались и на международной арене, сразу после перехода в "Арсенал". Он был с Того на Кубке Африканских Наций, но, из-за некоторых разногласий с тренером Стефеном Кеши, оказался не включенным в состав на матч-открытие против Демократической республики Конго.

Были слухи, что Адебайор покинет лагерь сборной и присоединится к "канонирам", но, как потом оказалось, общий язык с тренером был найден.

Свой дебют за "Арсенал" Эммануэль совершил в победной встрече с "Бирмингем Сити" (2-0) , забив через 21 минуту матча первый гол.

Несмотря на то, что в своих ранних появлениях он порой выглядел "сырым", было достаточно оснований полагать, что Эммануэль окажется ценным приобретением Лондонского клуба, и уже в сезоне 2006-2007 тоголезский форвард забил 8 голов в Премьер Лиге.

В мае 2007 Адебайор подписал с "Арсеналом" долгосрочный контракт.